余干县林业局是县政府工作部门，为正科级，内设办公室（行政服务股）、造林绿化股（绿化委员会办公室）、资源产业管理股（县林长办公室）、林地草地管理股、湿地野生动植物和自然保护地管理股、灾害防治股等六个股室，有下属森林病虫害防治检疫站、康山湖区候鸟自然保护区管理局等两个副科级事业单位，有林业技术推广站、林业勘察设计队、野生动植物保护站、木材检查站、林业工作管理站、山林纠纷争议调处办公室、峡山木材检查站等7个股级事业单位。